为了要了解本省主要水体之水质污染现况，以及其变迁情况，台湾省政府于民国六十五年二月开始，执行河川水质调查以及分析工作，主要的水体，包含有河川，灌溉圳道，地下水及部份海域等。而其中河川、地下水灌溉等水体，并编列在水质年报。海域和污染性质工厂集中地区的浅层地下水则以项目访查方式，来进行调查污染之工作。

1.河川台湾地区一共有二十一条主要河川，二十九条次要河川，及八十一条普通河川。由于受到地形影响，各河川均流短而湍急，河川流量随降雨量之大小而涨落迅速，而台湾地区约雨量虽然丰沛，但约有百分之七十八之雨量集中于五月至十月份。其它的时间河川流量小，缺乏稀释污染之能力。因此大量的废水排入河川，远超过河川的涵容能力，导致各地大小河川皆遭到轻重不同程度的污染，尤其以西部之河川最严重。政府自民国六十五年起，即由台海省水污染防治所进行河川水质监测工作，针对二十条主要河川，和二十六条次要河川、定期施测，并且以生化需氧量、溶氧量、悬浮固体及氨氮等四个水质参数来评估污染的程度。依七十九年之 结果可知，其下游河段未受污染者共有二十条，轻度污染者二条，中度污染者十五条，亦即台湾各地河川下游河段已有约二十四条，受不同程度的污染。若以河川受污染长度来表示，河川总长度为2,889.3公里，未受污染河段 为1,936.85公里，占67%，轻度污染河段238.4公里，占8.3%，中度污染河段共 417.31%公里，估14.4%，而严重污染之河段共297.21公里，占10.3%，由上可知已有24.7%受到不同污染，幸好污染大都分布在中、下游段，其中上游除了少部份外大都尚为清静。

2.水库和湖泊根据近年来对湖泊及水库水质调查资料显示，本省之水库已普遍地受到污染，尤其以优养化之问题较为严重，由于居住在水源处之居民或设立在水库、湖泊附近之工厂，将废水大量地排入湖泊、水库中，使得水体中之氮、磷等营养过高，导致藻类大量繁衍，此即所谓之优养化作用。依据行政院环保署初步调查台湾地区十五座水库水质显示，凤山澄清湖及阿公店水库，有藻类过度繁殖现象；应立刻研拟防治措施。另外根据调查，翡翠水库也有优养趋势，可见台湾地区之部份水库确已存在优养化问题，或正加速优养化，因此极待研拟相关水污染防治措施，并对尚未优养化之水库加强防范。

3.地下水： 近年来台湾地区之地下水污染的情况，可约略分为下列数种：(1)人类之农业活动，会影响到地下水质，如农药及肥料直接或间接地随入渗水，而进入地下水中。 (2)工业及家庭废水之排放： 不论经由河川或灌溉沟渠，都可能污染地下水，尤有甚者，将废水经由水井注入地下，更易造成水质的污染。 (3)垃圾废弃物之堆放，以及不当地掩埋，污染地下水：未经过合理地规划及监测之废弃物的堆放掩埋，其渗出水，将随着雨水或河川渗入地下水中。(4)不合格之凿井：为了抽取更多量之地下水，私人凿井，往往私自于各含水层中，皆按装上滤水管以增加出水量，倘若未有适切之填充，易造成各个含水层的连通，污染物可自一含水层进入另一含水层，增加含水层受污染的途径。(5)地下水超抽及过度的开发利用: 一般而言，地下水优点很多，其水量、水温、水质皆很稳定，而且开发成本低；最近之估计，全省地下水抽用量已超过了62亿吨，比起40亿吨的安全出水量，已超出甚多，故引发不少的问题。例如台北地区最深曾经下陷至海平面以下49.65公尺，后经实施地下水管制，已自64年逐渐 回升；此外南部屏东沿海地区，由于养殖超抽地下水，而造成海水入侵等问题。

4.海域： 台湾之海域水质，依据民国七十四年以前所进行之部分海域的近海海水表层之水质分析，如金山，中港，香山，急水，朴子，北港，高屏，花莲等，尚未发现有异常的水质发生，但至今由于废水排放入海域之量，已日渐增多，有部份海域被发现到有受污染之趋势，例如油污的污染及高温之冷却水排入海域中，危害到海域中生物之生存，报章杂志已有多次报导，应与以重视，并加强管制污染源之排放污染物。