按照这一规划，上海市可谓“一箭双雕”。
　　目前上海市主要水源地——黄浦江的供水能力已达极限，因此，未来的水源地只能更多地寄希望于长江。除了现有的位于长江口南岸的宝钢水库以及陈行水库，投资160亿元、预计2010年建成的青草沙水库，就位于南支北港南侧，该水库可满足1000万人的需求。在解决了海水通过北支倒灌问题之后，未来的水源质量也将更有保障。此外，围垦也将使得“寸土寸金”的上海市，获得宝贵的新增土地资源。
　　然而，对于江苏省来说，这一方案可谓有利有弊。随着海水倒灌问题的缓解，江苏省位于长江口南岸的太仓水库也将获益。此外，在“中缩窄”之后，江苏省也可以利用航运条件得以改善后的北支开辟新的航道；像江苏海门、启东等地区，远期可望借此开辟最高3000吨级的水上运力。
　　不过，业内人士在接受《财经》记者采访时亦承认，由于这一方案造成水位抬高，也会使得排水不畅的问题更加突出，导致位于上游的江苏在洪涝时期面临更大的考验；此外，水流加快之后，对于江苏沿江的堤岸冲刷也会加剧，要确保安全就必须追加投资。
　　鉴于此，江苏省一直要求上海市给予一定的经济补偿。由于双方至今仍有分歧，规划虽定，但据《财经》记者了解，北支工程正式启动或许仍待时日。

清水难求
　　咸潮只是影响长江口水质的一个因素而已。要真正还长江口可以放心饮用的清水，挑战仍然艰巨。
　　根据国家海洋局的统计，2007年，长江的主要污染物入海量高达640万吨，其中仅重金属排放量就超过了2万吨，这还不包括2162吨的有毒物质砷。目前长江口及其近海水域，已成为中国近海污染最严重的海域。
　　河口水作为江海混合的水体，目前仍无专门的水质评价体系。多年来，河口水质有地表水和海洋水两种参考标准。
　　上海市环保局的一位人士告诉《财经》记者，由于水利部、环保部和海洋局之间采用不同的检测数据，部门之间就很难协调。以地表水标准来看，长江口目前的水质为III级，江中心基本为II级。不过，水利部的统计资料显示，2006年，长江口的南港和竹圆段不仅铅与镉两种重金属含量超标，水质也已经沦为V类（仅比最差的劣V类略微好一些）。
　　由于河口区无机氮和活性磷酸盐含量超标，营养盐比例失衡，近年来东海赤潮发生的频率逐年上升，已经逐渐威胁到沿岸的海洋生态环境。根据2007年中国海洋环境质量公报显示，赤潮高发区目前多集中在东海海域；其赤潮发生次数和累积发生面积，分别占到了全国海域的73％和84％。
　　不尽污水滚滚来，加上过度捕捞，使得整个长江口区域的渔业资源量遭到严重破坏。水利部门的统计显示，上个世纪90年代渔业产量远小于六七十年代，整个长江口水域渔业资源已经出现了全面衰退。
　　中国工程院院士、华师大河口海岸研究所名誉所长陈吉余教授对《财经》记者表示，过去很多长江口的鱼类，现在已很少能看到。如长江口特产之一的刀鱼，由于物以稀为贵，目前每斤价格已经上涨到两三千元。即使在3月这样的传统汛期，捕捞刀鱼也似大海捞针。
　　原国家环保总局曾经组织有关机构，对长江口及其毗邻海域的环境状况进行过为期两年的调查分析。2006年底完成的这一课题显示，长江口3.8万平方公里海域范围内，接近八成都是IV和劣IV类海水。而从海底采集上来的样品中，长江口有近三分之一没有任何底栖生物，海底“沙漠化”状况令人触目惊心。
　　虽然早在2007年1月，《长江口综合整治开发规划环境影响报告书》就已经通过审查。作为回应，水利部在《规划》中也承诺依据长江口水功能区划，计算提出区域污染物排放总量和削减量，实施总量控制。 但有关专家对《财经》记者坦言，鉴于长江口及毗邻海域的污染源头主要来自长江流域的中上游，因此仅控制住长江口的排污量，收效仍然十分有限。寄希望这次《规划》能带来水质和生态的质变，或许并不现实。
  
“水”“土”之争
　　长江口所拥有的丰富的生物多样性，并不仅仅局限在水中。目前，这一区域拥有崇明东滩鸟类自然保护区、中华鲟幼苗自然保护区、九段沙湿地自然保护区以及长江口（北支）湿地自然保护区。前三者由上海市管辖，后者则为江苏省级自然保护区。
　　水利部规划计划司副司长段红东接受《财经》记者采访时指出，大量滨海湿地无人管理与湿地资源过度利用并存，不仅严重影响了湿地生物资源的贮量，也对长江口湿地生态平衡产生威胁。
　　以长江口北支北岸和崇明东滩为例，多年来为上海市贡献围垦土地约460平方公里。但是，这些围垦行为也加速了长江口北支的萎缩，并且在一定程度上增加了河势不稳的风险。
　　据《财经》记者了解，上海市为了追求土地平衡，每年平均要围垦6万亩到8万亩土地。然而，在增地和湿地生态保护之间，很难做到两全。
　　此次《规划》设计过程中，滩涂部门曾积极主张通过促淤的方式形成新的滩涂，从而来置换已经淤高的滩涂。他们认为后者生态价值已经不高，更适合用于土地开发。知情人士对《财经》记者透露，由于上海市区土地供应紧张，地方政府也希望用这些新围垦的土地，来置换成市内的建设用地指标。
　　然而，正是出于保护这些自然保护区及其他湿地资源的考虑，环保部门对《规划》草案中涉及的围垦范围、速率等都做出了一定的限制，取消了一部分来自围垦部门的圈围要求。
　　例如，上海市曾拟在崇明东滩南面的北港北沙和九段沙的部分地区进行围垦，认为这两个区域湿地价值已不高。但这一设想受到环保部门反对，东滩南侧的高滩和九段沙部分的围垦计划，在最终通过的规划中都被取消。
　　除了滩涂围垦与湿地保护的内在冲突，其管理权也同样存在不确定因素。多年以来，水利部与国家海洋局在河口海域存在管理上的交叉重叠。
　　国家海洋局东海分局局长、上海市海洋局局长张惠荣在接受《财经》记者采访时表示，长江口滩涂围垦需要先取得海域使用权以后，方可进行围、填活动。因为“不论海陆分界线划在哪里，沿海滩涂围垦均是严重改变或者影响海域特性的活动”。
　　张惠荣强调，海洋和水利部门不存在职能冲突，但种种迹象显示，如何使得众多相关职能部门，在长江口综合整治中形成合力，仍然是一个巨大的挑战。