按照东营市的最初规划，保护区的核心区共有湿地7.9万公顷。但胜利油田显然不愿意接受这一规划。当时油田已在这一区域投资上百亿元，探明石油储量达3亿吨，而预计远景储量还有7亿多吨。一旦被纳入核心区范围，就意味着再也无法加以勘探和开采。
　　胜利油田强调，依据1986年开始实施的《中华人民共和国矿产资源法》，油田的探矿权和采矿权不受侵犯。然而，东营市则强调，依据国务院颁布并于1994年开始实施的《中华人民共和国自然保护区条例》，有权限制胜利油田在黄河三角洲自然保护区内的勘探开发活动。
　　双方各不相让，“官司”最终打到了国务院。东营市委驻自然保护区管理局工作组组长薄官和告诉《财经》记者，国务院曾为此专门派出专家组进行协调。一直到2001年8月，国务院才以国办函（2001）46号文的形式，为最终的保护区规划“盖棺定论”。
　　看上去，胜利油田成了这份新规划的“赢家”。在新规划中，核心区面积由原来的7.9万公顷减少到5.8万公顷，油田成功地获得了原本规划中的2.1万公顷核心区土地的开发权。虽然缓冲区和实验区面积分别增加0.2万公顷和1.9万公顷，似乎是一个总量上的补偿，但在一些专家看来，核心区对于湿地生态保护的重要性，是后者根本无法取代的。
　　当然，作为补偿，这份通知也明令禁止胜利油田在保护区的核心区和缓冲区内进行石油开采工作，实验区内的新项目建设必须通过环境影响评价方可进行。此外，胜利油田还自愿拿出6000万元资金，支持实施30万亩（2万公顷）湿地的恢复工程。
　　在接受《财经》记者采访时，薄官和强调，目前胜利油田和保护区的关系已经从对立转向合作，并且还在进一步探讨湿地生态补偿机制。
　　如今，保护区外的抽油机基本上都是黄色，而保护区内的抽油机则被刷成了绿色，这或许也可以反映出油田的一种心态变化。为了减少油田开发对生态系统的负面影响，油田还将采用噪音低、占地面积小的螺杆泵抽油机逐步替代传统的“磕头机”，并实行滚动式开发、污染物总量控制等环保措施。
　　在黄河三角洲与中方专家一起从事湿地研究的荷兰瓦格宁根大学派德罗利（Bas Pedroli）博士也对《财经》记者表示：“胜利油田作为当地最大的企业，理应与地方政府在湿地保护方面进行更好的合作；何况这也可以帮助树立其良好的公众形象。”
　　从国际经验来看，石油开发以及运输途中的石油泄露，始终是生态保护的一个重要威胁。即使在受到严格监管的美国阿拉斯加，也先后发生过多次泄露事故，给当地生态系统带来严重危害。
最新的一个例子，就是2006年8月英国石油的输油管道泄露事件。在自然保护区和油田之间，能否真正建立起长期性的“绿色纽带”，仍然需要更多的时间来检验。

开发难题
　　与长江三角洲和珠江三角洲不同，黄河三角洲在很长一段时间内基本上属于“无主之地”。
　　其中一个重要原因，就是黄河的改道。当泥沙在河口沉积到一定程度，黄河水无法通行时，它就会另寻出路。自1855年以来，黄河的“尾巴”不断摆动，其入海路径在约6000平方公里的扇形面积内发生了九次大变迁。随着胜利油田的大规模开发，1976年5月，黄河才在刁口河被人工截断，改由清水沟流路入海。
　　此后，在曾任东营市第一任市长的原山东省政协副主席李殿魁等人的极力主张下，史无前例的黄河口治理试验工程自1988年启动。至今，黄河在清水沟流路已经安全通行30余年。
　　尽管黄河将来是否还会改道仍然让人心存疑虑，但这些年入海流路的相对稳定，已经燃起了各方开发“黄三角”的信心。目前，拥有180万人口的东营市，提出了打造“石油之城”和“生态之城”的概念。其中开发“黄三角”的旅游资源，更被视为“生态之城”的重要组成部分。
　　根据东营市政府提供的招商推介手册，该市规划的黄河生态旅游区建设项目，估算投资总额约为30亿元人民币。倘若这一规划得以实施，势必有大批游客涌入三角洲湿地。目前，每年进入保护区的旅游者已经达到10万人次。如何妥善处理旅游开发与湿地保护的矛盾，无疑是摆在东营市政府面前的一大难题。
　　按照规定，游客不能进入保护区的核心区。中科院地理所研究员刘高焕对《财经》记者坦言，一旦生态旅游失控的话，这一点恐怕很难做到。
　　原山东省政协副主席李殿魁也对《财经》记者强调：“在黄河三角洲自然保护区搞旅游，绝对不能遍地开花，否则只会毁了保护区。”
　　毕竟，黄河三角洲的生态价值，要远远大于其物质价值。北京大学环境学院教授许学工等人2001年发表在《北京大学学报》的一篇论文就指出，黄河三角洲1996年的生态系统服务价值中，物质生产价值仅为40亿元，远远低于所创造的228亿元的间接价值。
　　早在1994年，在中国政府制定的可持续发展“21世纪议程”中，黄河三角洲的资源开发与环境保护就被列入优先项目计划。同年10月，联合国开发计划署（UNDP）与荷兰政府、中国政府一起，联合启动了支持黄河三角洲可持续发展的研究项目。
　　然而，在黄河三角洲，由于湿地保护涉及石油、军队、水利、环保、海洋、农业和国土资源等部门，各种危险因素并存，各方利益交织，能否真正把生态保护放到优先地位，仍然是个疑问。
　　目前，在黄河三角洲自然保护区内，为了阻挡海潮袭击、更好地保障当地经济发展，修建了大量堤坝；加上油田道路的扩张，都直接导致了生态系统的破碎化。在黄河流域水资源保护局副局长连煜看来，如果湿地与河流没有办法连通，就意味着水到了家门口也流不过去，“这种湿地是最危险的”。
　　参与了中荷合作研究的中国科学院地理科学与资源所研究员刘高焕在接受《财经》记者采访时，对此也深感忧虑：“最近几年，破碎化越来越严重。比如，海堤修建时对海岸生态系统关注不够，哪怕多一点涵洞就会好得多。”
　　2007年，自然保护区管理局收回了下属各管理站的人事权和大部分土地使用权，但北部一个名为“一千二”的管理站所属土地，仍然由当地政府管辖。
　　而且，从自然地理上看，黄河三角洲不只包括东营市，至少还包括东营西侧的滨州市。彼此之间如何有效地协调，都是不容回避的课题。